В свое время в связи с недостаточным объемом накопленной в питьевых водохранилищах города воды, возникла необходимость во временном повышении отбора подземных вод. Откачка напорных подземных вод в течение нескольких десятилетий, привела к заметному изменению гидрогеологических условий – к снижению уровней различных водоносных горизонтов. Естественно, это повлекло к оседанию поверхности земли на обширных территориях. Развитию оседания способствовали геолого-гидрогеологические условия города: наличие мощных водоносных толщ четвертичных песков и супесей, пластичных юрских и тугопластичных верхнекаменно-угольных глинистых пластов, испытывающих большое взвешивающее давление напорных вод, трещиноватых и кавернозных долмито-известняковых толщ карбона, заключающих напорные воды. На территории города, по фактическим данным, ни один из водоемов и водотоков не соответствует всем показателям рыбохозяйственного критерия. В то же время в черте города находятся водные объекты, которые настолько загрязнены, что представляют угрозу для здоровья населения (например, пруды на территории строящегося массива “Марьинский парк”). Ухудшилось состояние реки Сетуни. Однако наиболее крупные водные объекты Москвы характеризовались благоприятной санитарно-эпидемиологической обстановкой. Гидробиологические и токсикологические исследования водоемов показали, что р. Москва относится к умеренно загрязненным водоемам. Анализ за ряд последних лет показал, что в организмах рыб разных видов в наибольшей степени накапливаются нефтепродукты и их производные, а также ряд тяжелых металлов – I и II группы токсичности: свинец, цинк, мышьяк, медь, ртуть, кадмий. Концентрации их могут изменяться в зависимости от вида рыбы и года наблюдений. Наиболее грязной по комплексу показателей является плотва, за ней следуют лещ и хищники. В отдельные годы отмечены сверхвысокие концентрации поллютантов в организмах различных гидробионтов (плотва, рдест гребенчатый), что, по-видимому, связано с залповыми сбросами загрязняющих веществ на выше расположенных участках реки. По своему химическому составу рыба из р. Москвы, отловленная в районе Беседенского моста, не отвечает санитарным нормам, предъявляемым к пищевым продуктам, а часто даже опасна для человека. Мощные иловые отложения, содержащие высокие концентрации веществ (в том числе нефтепродуктов), создают богатую кормовую базу для большинства видов рыб. В илах обитает большое количество тубифицид, охотно используемых рыбами как корм. Все это определяет высокую численность отдельных видов рыб и достаточно богатое видовое разнообразие. В районе Беседенского моста отмечены даже редкие для р.Москвы виды, такие как чехонь и голавль. Наиболее массовыми являются плотва, карась и лещ. В целом можно отметить, что в водоемах города вода существенно чище, чем в водотоках, тем не менее качество воды в прудах является неудовлетворительным по рыбохозяйственным нормативам. По-прежнему на значительной территории Москвы фиксируются подтопленные участки. К такого рода участкам в Северном и Северо-Восточном АО следует отнести участки вокруг промзон, расположенных вдоль Дмитровского шоссе и в районе бывшего г. Бабушкина (между р. Яузой и Ярославским шоссе). В Восточном АО – это территории вокруг промзон вдоль Щелковского шоссе и шоссе Энтузиастов, в Юго-Восточном – полоса левого берега р. Москвы между Южным портом и Капотней. Неблагоприятный участок находится вдоль границы Юго-Западного и Южного АО (практически вдоль всего отрезка Варшавского шоссе в границах города). В Западном АО такой участок располагается относительно узкой полосой между Можайским и Мичуринским проспектом. В Северо-Западном – это небольшой участок территории, заключенный в Мневниковской излучине р. Москвы, предназначенный для размещения Детского парка Чудес и, несмотря на это, традиционно используемый для несанкционированного складирования городских отходов. Подтопленными считаются участки территории, где первый от поверхности водоносный горизонт поднимается к поверхности земли до глубины менее 3 м. В Москву ежесуточно по системам водопровода поступает около 6,5 млн.м3 воды. Даже если потери в водонесущих коммуникациях соответствуют нормативным и составляют только 4% от этого количества (а на самом деле гораздо больше), то в грунт теряется около 440 тыс.м3 воды в сутки. В настоящее время определенный вклад в изменение гидрогеологических условий вносит освоение подземного пространства. Единичное подземное сооружение, перегораживая поток подземных вод, вызывает подъем уровня перед собой и его спад ниже по потоку. Подтопление и заболачивание может иметь и локальный характер. Так, благоустройство Воронцовского парка вызвало затопление подвалов, вымокание стен с обрушением штукатурки, разрушение фундаментов. Анализ современных и ретроспективных материалов показывает, что подтопление в Москве носит масштабный характер как по значительности негативных последствий, так и по территориальному охвату. Подтопленные территории достигают около 40% городской территории, заключенной в границу МКАД.